科属分类：

　　域： 真核域（Eukaryota）

　　界： 动物界（Animalia）

　　门： 脊索动物门（Chordata）

　　亚门： 脊椎动物亚门（Vertebrata）

　　纲： 哺乳纲（Mammalia）

　　目： 鲸目(Cetacea)

　　亚目： 须鲸亚目(Mysticeti)

　　科： 鳁鲸科(Balaenopteridae)

　　属： 鳁鲸属(Balaenoptera)

　　种： 蓝鲸(B. musculus)

　　亚种：分为以下3个亚种：

　　南蓝鲸(B.m intermedia Burmeister,1871)南蓝鲸分布于南半球；南蓝鲸雌性长23～24M，雄性22米性成熟，身体成熟的体长分别为26～27M和24～25m；北蓝鲸(B.m musculus Linnaeus,1958)北蓝鲸分布于北大西洋和北太平洋。北蓝鲸雌性长21～23m，雄性20～21m性成熟，分别在25和24米长时身体成熟；小蓝鲸(B.m brevicaukta Ichihara,1966)小蓝鲸分布印度洋和东南大西洋的亚南极海域。小蓝鲸雌性长19m，雄性略小于19m性成熟，雌雄长分别为22和21m时身体成熟。

　　蓝鲸是鳁鲸属七个物种中的一种。但是DNA测序分析表明，蓝鲸比其属中的其它物种在种系上更接近驼背鲸和灰鲸。关于蓝鲸/鳍鲸杂交的成年后代至少有11项文献记载。阿伦逊和格尔伯格(1983年)认为蓝鲸和鳍鲸的差别类似于人类和大猩猩的差别。普遍认为鳁鲸科早在渐新世中期就和须鲸亚目的其他科分离。但是不知何时这些科的成员彼此分离。

　　与蓝鲸相关的动物种系树一些权威把该物种分为三个亚种：B. m. musculus，包括北大西洋和北太平洋的种群；B. m. intermedia，包括南大洋的种群；B. m. brevicauda （也称侏儒蓝鲸），包括印度洋和南太平洋的种群。更早的权威把把印度洋种群单独列为一个亚种称B. m. indica。但和其他三个亚种不同的是，最后一个亚类的名称并未出现在濒危物种红色列表上。目前两种分类方法仍旧受到一些科学家的置疑；遗传分析却表明只有两种亚种。

　　物种名称musculus来源于拉丁语，有“强健”的意思, 但也可以理解为“小老鼠”。林奈在1758年的开创性著作中完成了该种类的命名，他可能知道这一点，然后幽默的使用了这个带有讽刺意味的双关语。蓝鲸还有其他常用的名字，例如Sulphur-bottom（硫磺底），Sibbald's Rorqual（鳁鲸的近亲）， Great Blue Whale（大蓝鲸） and Great Northern Rorqual（大北鳁鲸），近几十年来这些名称渐渐被人们遗忘。